La historia de Kingdom Hearts Re: coded sigue los eventos ocurridos en Kingdom Hearts II. Jiminy Cricket y el Rey Mickey repasan el contenido del diario de Jiminy para encontrar un pasaje que el no escribio: “Debemos volver a liberarles de su tormento”. Mickey decide digitalizar el diario con la esperanza de descubrir el significado del pasaje y de donde viene. El jugador entonces entra en juego como una version digital de Sora que explora los contenidos del diario en un esfuerzo por desvelar la verdad  
 
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