Munich, Alemania, 1923. Dos años han pasado desde que Edward Elric fue traído desde su mundo hasta el nuestro, dejando atrás su país, sus amigos y a su hermanito Alphonse. Sin sus poderes de Alquimia, ha pasado todo este tiempo investigando cohetería junto a Alfons Heiderich, un joven muy parecido a su hermano; esperando algún día encontrar el camino de regreso a su casa.
Sus esfuerzos han sido inútiles hasta el momento. Pero después de ayudar a una gitana que estaba en problemas, Edward es conducido por una serie de eventos que pueden causar el caos en ambos mundos.
Mientras tanto en su propio mundo, Alphonse Elric se aventura en los profundos misterios de la Alquimia, buscando la manera de reunirse nuevamente con su hermano.